La vida floreciente del reino medio llegó a un fin repentino, pero no son claras las razones. La siguiente dinastía fue débil y tuvo que compartir el poder con gobernantes locales.
Hacia fines del siglo XVIII AC hubo una invasión de extranjeros, conocidos con el nombre de hicsos. En las listas de reyes egipcios estos gobernantes extranjeros forman las dinastías decimoquinta y décimosexta.
El historiador judío Josefo explica que hicsos significa "reyes pastores", pero sabemos que este nombre es una corrupción del término egipcio hega Khasut, que significa "gobernante de países extranjeros". Su relación étnica es aún incierta, pero sus nombres, tales como Jaqub-hur o Anat-hur, indican que muchos de los reyes hicsos fueron semitas, aunque algunos puedenhaber sido hurritas.
No es seguro si los hicsos invadieron a Egipto y llegaron a ser señores del país por conquista militar o por una infiltración pacífica. Puesto que introdujeron el caballo y el carro, desconocidos para los egipcios hasta ese entonces, parece probable que los hicsos, con su equipo militar superior, conquistaron a Egipto. Establecieron su capital en la ciudad de Avaris, en el delta oriental.
Algunos de estos reyes hicsos, como Khian, parecen haber reinado sobre todo el país pues sus monumentos se han encontrado en todo Egipto, y aun en Nubia. Otros gobernantes hicsos pueden haber estado satisfechos con sólo un gobierno nominal, mientras que otros gobernantes locales ejercían el poder en sus distritos.
Sabemos, por ejemplo, que durante todo el período del gobierno de los hicsos los príncipes egipcios de Tebas se atribuyeron prerrogativas reales, y aparecen sin interrupción en listas egipcias como las dinastías decimotercera y decimoséptima. Otra dinastía autóctona, la así llamada decimocuarta con asiento en Xois, pretendía tener autoridad en el delta occidental.
Desgraciadamente nuestros registros de esta época tan interesante son muy pocos y fragmentarios. Como gobernantes extranjeros, los hicsos fueron naturalmente odiados por los egipcios. Después de su expulsión, todos sus monumentos y registros fueron sistemáticamente destruidos y su memoria fue raída. De ahí que tengamos sólo unos pocos monumentos de la época que escaparon a la furia de los fanáticos egipcios, junto con algunas referencias despectivas de escritores posteriores, y las leyendas distorsionadas de épocas muy posteriores, como las que ha conservado Josefo para nosotros.
Estas son las razones por las cuales gran parte del segundo período intermedio pertenece a los tiempos más oscuros de la historia antigua egipcia, hecho deplorado por historiadores y estudiosos bíblicos, por cuanto se considera una realidad que José ejerció el cargo de visir de Egipto bajo uno de los faraones hicsos. Hay un acuerdo casi universal entre los eruditos respecto a este punto. Sea cual fuere la fecha que acepten para el éxodo, concuerdan en que la narración respecto a José se ubica mejor en el período de los hicsos.
La cronología bíblica también estaría de acuerdo con tal opinión. No sólo hallamos evidencias arqueológicas que muestran que el caballo y el carro aparecieron en Egipto durante dicho período, sino que también la primera vez que se los menciona en la Biblia es en relación con la historia de José (Gén. 41:43; 46:29; 47:17).
El hecho de que durante el período de los hicsos se realizó un gran cambio social en el cual la propiedad privada (excepto la propiedad de los templos) pasó a manos del rey, también puede ser explicado mejor por los sucesos registrados en Gén. 47:18-26.
El fin del período de los hicsos llegó a principios del siglo XVI AC.
Una vez más nuestros registros respecto de su expulsión son muy escasos. Un relato legendario de un tiempo algo posterior cuenta de una lucha de Apofis, uno de los últimos reyes hicsos, con Sekenenre, príncipe de Tebas. Este relato sería de poco interés si no fuera porque la momia de Sekenenre, que todavía se conserva, muestra que este príncipe murió de terribles heridas en la cabeza, probablemente sufridas en una batalla.
Por lo tanto, se presume que Sekenenre inició la guerra de liberación, con resultados fatales para él. Su hijo Kamosis continuó la guerra con algún éxito, como sabemos por dos registros de su época, pero el verdadero libertador de Egipto del yugo extranjero fue Amosis, hermano de Kamosis, quien llevó la guerra hasta las puertas de Avaris, capital de los hicsos.
Cuando Avaris fue finalmente tomada, los hicsos se retiraron a Palestina e hicieron su fortaleza en la ciudad de Saruhén (Josué 19:6). Esta ciudad también fue tomada después de una campaña de tres años, o después de tres campañas anuales (el registro es ambiguo).
Luego los hicsos fueron expulsados hacia el norte, donde desaparecen, aunque es posible que las guerras de Tutmosis III, cien años más tarde, fueron aún reñidas contra el residuo de los hicsos.
